Генерал армии Василий Филиппович Маргелов удостоен 12-ти Сталинских благодарностей, 13-ти орденов СССР, 21-й медали, 34-х наград иностранных государств.
1-4. Орден Ленина –4 (№ 17023 – 21.03.1944; № 222276 – 03.11.1953; № 400974 – 26.12.1968; № 432414 – 26.12.1978)
1. «Золотая Звезда» Героя Советского Союза (№ 3414-21.03.1944).
2. «За воинскую доблесть». В ознаменование 100-летия со дня рождения Владимира Ильича Ленина (11.04.1970).
Народная Республика Болгария
1. Орден "Народная Республика Болгария" 2 степ. (№ 1136 - 20.9.1969),
2. Медаль "Георгий Димитров", 90 лет со дня рождения (Указ № 364 - 22.02.1974),
1941-1945 гг.
тов. Гвардии генерал-майору Маргелову Василию Филипповичу
За отличные боевые действия в боях против немецко-фашистских захватчиков Верховным Главнокомандующим Генералиссимусом Советского Союза товарищем СТАЛИНЫМ Вам объявлены благодарности:
11 апреля 2005 года в Академии Проблем Безопасности, Обороны и Правопорядка была подписана наградная грамота Герою Советкого Союза генералу армии В. Ф. Маргелову посмертно за большой вклад в победу в Великой Отечественной войне и укрепление обороноспособности государства Российского.